笛卡兒出名是個不看書的人。同行和聯絡人寄給他的學術著作，他多半看也不看，或者只是翻一翻目錄便丟在一旁。所以他家裏沒有藏書，死後遺物裏的書本亦寥寥可數。他在《談談方法》的自傳部分，聲稱自己年輕時便決心要拋開前人的成見，親自閱讀世界這本大書，四處遊歷，增廣見聞，和不同階層和類別的人接觸和交談。他從這樣的經驗中得出什麼學術啟發，不得而知。除了「走萬里路勝讀萬卷書」，他也主張往自己的內部探索以獲取知識，也即是靠純理性的思考。
當然，純靠「食腦」是不行的。所以往自我內在的思索只是基礎。在確立了對自我存在確切無誤的知識之後，我們便可以運用這可以信賴的理性，通過觀察、實驗和推論，去認識自然界。觀察、實驗和推論這些程序，也是不必依靠書本的。對他來說，世界上的書籍十之八九不但無用，簡直有害，特別是源自亞里斯多德的經院哲學（scholastic philosophy）。打倒經院哲學是他終身的目標，這一點當然引來了猛烈的反擊。
在出版《談談方法》和《第一哲學沉思集》之前，笛卡兒採用了一個特別的手法，就是先印刷一定數量的先行本，寄贈給行內的重量級人物，謙遜地邀請大家就書本內容作出批評和指正。在收到批評之後，笛卡兒會挑選其中特別有討論價值的幾篇，撰寫反駁，然後把批評和反駁一併刊登於正式出版的著作裏。於是，就變成了批評者被一一駁倒，而作者在辯論中大獲全勝的局面。這樣的做法惹來了許多不滿，得罪了許多重要學人。
身居於以加爾文教派為主要信仰的荷蘭，身為羅馬天主教徒的笛卡兒也惹來了不少麻煩，兩次捲入和當地神學家的罵戰，甚至差點去到法院訴訟的程度。而曾經一度是笛卡兒追隨者的後學，後來又因為觀點不同而反目，到了公開互相指責的地步。自以為在學術推廣上很有部署和手段的笛卡兒，結果還是「得罪人多稱呼人少」，生前並沒有爭取到多少成績。
世界上唯一能壓倒笛卡兒的人只有一個，就是伊麗莎白公主，史上稱為Elisabeth of the Palatinate或Elisabeth of Bohemia。她的父親腓特烈五世為神聖羅馬帝國的選帝侯，一度被擁戴為波希米亞國王，失勢後與家族流亡荷蘭，後來更戰死沙場。她的母親是英皇詹姆士六世的女兒、查里士一世的姊姊。血統高貴的她後來長期寄人籬下，雖然身為王室成員，但生活頗為拮据。身份所帶來的精神壓力和禮儀責任令她心力交瘁。一六四三年，伊麗莎白二十五歲，於寄居海牙期間得悉笛卡兒的學說，在他人引介下首次和笛卡兒見面。兩人開始了長達七年的交流，多半通過書信，但哲學家也間或親自拜訪。笛卡兒當初積極與公主結交，很可能出於尋找贊助者的意圖。在次年出版的《哲學原理》開首，他寫了一段極盡讚美和尊崇的獻辭給「至為安寧的殿下」，並把著作奉獻給伊麗莎白公主。這種做法表示作者得到尊貴的王族成員認可，可以減少它受到抨擊的風險。
不過，伊麗莎白其實是個有名無實的公主，在實際上沒能為笛卡兒提供什麼幫助。兩人的交往和通信，最大的成果反而是真誠開放的學術交流。公主雖然比哲學家年輕二十二歲，像同時代的女性一樣沒有接受過正統教育，但好學而聰慧的她對科學和哲學略有認識，所以抓緊機會向笛卡兒提出了許多疑問。公主以自我貶抑的措辭，謙稱自己愚笨而無知，但往後提出的詢問，都極尖銳而切中要害，點出了笛卡兒學說中的弱點或矛盾。也許，由於身份地位的差異，笛卡兒收起了平素目中無人的作風，以極謙遜而耐心的態度，一一對公主的提問作答。但貌似無知的公主問得實在太「到肉」，使哲學家往往難於招架，而要絞盡腦汁思考令對方滿意的答案。這樣下來，笛卡兒去除了心高氣傲的惡習，反而能實事求是地細心思考反對的意見，慢慢修正自己對問題的理解和說法。
公主關心的問題，首先是笛卡兒提出的非物質的靈魂，如何能推動物質的身體這一點。用現代的說法，就是心理和生理之間的關係。兩人之間的討論，慢慢地成為了笛卡兒下一本著作《靈魂的激情》的題材。所謂「激情」原本用字為”passion”，並非指後來的「熱情」，而接近「情緒」的意思，當中包括好奇、愛悅、憎恨、快樂、悲傷等多種。根據笛卡兒的人體機械論，passions的產生來自身體內的「動物精質」（animal spirits）。當身體感官受到外物或想法的刺激，「動物精質」便會對腦袋裏的松果體作出影響，進而產生相應的passion。這些passions其實就是內心的情緒波動。因為是被動產生的反應而稱為passion，與意志所主動作出的action相對。
The Passions of the Soul出版於一六四九年，是笛卡兒的遺作。可以說，伊麗莎白公主是它的催生者。對於二人的關係，後世有很多揣測。有人認為兩人互相暗戀對方，但並沒有足夠的證據。伊麗莎白於一六四六年被迫離開荷蘭前往德國，當時笛卡兒曾經提出雙方以後用密碼通信，但事情不了了之。兩人之後亦再沒有機會見面，但保持書信往還，直至笛卡兒一六五零年死於瑞典。笛卡兒前往瑞典之時，把公主的信件帶在身邊。他死後友人曾徵求公主的同意，把她的信件公開，但遭到公主拒絕。結果公主把信件全部取回。伊麗莎伯後來加入路德會修道院，並成為院長，直至終老。至於後世如何發現公主致笛卡兒的信件的抄本，又是一個機緣奇妙的故事了。
