1889年11月，廣州浸信會的四位教友，倡議為基督教會子弟開辦書塾，並籌得開辦費67元，創辦「培正書院」。有別於其他基督教學校，培正並非由外籍傳教士創辦，而是由浸信會華人平信徒和牧者結合創辦。校訓集合基督的教訓及儒家思想，希望學生以「耶和華乃善乃正」為榜樣，做人良善正直，懷着「止於至善」的精神，不斷追求圓滿。
1889年，浸信會教友籌得開辦費67元，「培正書院」正式啟館授課，並歡迎教會以外學生就讀。
1893年，學校貸款改建珠光里校舍，易名「培正書塾」。
1912年，中華民國成立，改名「培正學校」。
1929年，建校四十周年，校友會易名為「培正同學會」。
「你是什麼社？」這句話，是培正人的暗號，也是培正學生如此團結的原因。級社傳統自1920年開始，已經維持了九十九年。小學五年級開始，這一級就是一個獨一無二的社。小學校長張廣德解釋，在小五開始成立級社，學生有機會擔任級社職務，學習籌備活動，承擔責任。
這一級的學生讀到中學畢業，社的名字定好了就不會改變，所屬的社，將會跟隨你一輩子。上到中學，還有兄弟社，現時中學是六年制，兄弟社之間相隔三年。「昇社」永久社長唐世煌於1969年畢業，笑言當年不少同學升班「逢二進一」，讀十年八年中學是等閒事。「我畢業那一屆，只有廿八人是由小學到中學都沒有留級。」
因為級社制度，同學之間向心力極強。前人有先見之明，早於1929年成立「培正同學會」。「同學會」也就是「校友會」，但是聽上去親切得多，無論是長輩還是後輩，大家都是「同學」。同學會最重要的工作就是連繫校友，其中兩個主要項目，就是舉辦加冕儀式，畢業廿五年是「銀禧加冕」，畢業五十年是「金禧加冕」。何浩元會長笑言，創校先賢有先見之明，校友在外頭闖蕩二十五年之後，人生踏上軌道，就是最好的時機聯絡舊友，有心力貢獻母校，飲水思源。
所謂加冕，只是戴上一頂印有畢業年份的小帽子，但是重要在於儀式，舊生會找來當年教過他們的老師，回校主持加冕。李詠姿是1994年頌社的畢業生，她十分期待11月的儀式。「有機會重新踏足禮堂的台上，聽見老師叫自己的姓名，是一件十分感動的事情。」
1933年4月，設立香港分校，在何文田購地五萬餘平方呎，同年9月開課，小學設有六班，並於1935年開設第一班中一。
1938年，澳門分校成立。
1941年，日軍侵襲香港，香港淪陷，培正被迫停辦。
1945年，香港培正中學暫借九龍塘學校校舍復課，翌年遷回何文田。
1950年香港分校易名「香港培正中學」，澳門分校易名「澳門培正中學」。
1953年政府接管廣州培正中學，並改名為「公立廣州市第七中學」。
1957年香港培正中學北牆外的馬路，由政府定名為「培正道」。
除了級社制度和加冕儀式之外，紅藍精神亦是每一個培正人的「暗號」。紅藍兩色，是培正的校色，學生被稱為「紅藍兒女」，傳承「紅藍精神」。紅色代表澎湃熱情的心，滿載基督的愛心；藍色代表冷靜機智，思考要周全，避免衝動鹵莽。校徽外圓內方，代表做人處事知所進退，懂得在圓融之中保持棱角，正如培正創校以來，一直堅持用中文教學。
1978年，香港培正中學轉為政府資助學校。
1985年，廣州培正中學復名。
1998年，輝社校友崔琦教授，獲頒諾爾物理學獎。
2019年，培正創校130周年。
這份紅藍精神，在一次校徽商標爭奪戰中充分體現出來。1949年後，中國大陸政權易手，多場政治運動爆發，廣州培正中學一度更改校名，至1985年才獲當局復名。復名後，英文校名採用普通話拼音”Pei Zheng”。1999年，花都培正商學院（現為廣東培正學院）搶先於北京註冊「培正」的校名及校徽，並於翌年獲批。
香港培正同學總會號召全球超過十萬名校友協助，經過十年訴訟，終於在2009年取回商標註冊。同年，廣州培正中學跟隨創校傳統，將英文校名改回粵語拼音”Pui Ching”，並恢復以廣東話唱校歌。
微小如一個拼音，背後都是一份堅持，堅持對傳統的尊重。
