元朗牛潭尾村最近的遭遇，被村民形容為 「五十年不遇」的大旱。
高鐵香港段項目於牛潭尾區內主要工程，包括興建米埔至牛潭尾段隧道及其通風設施。隧道鑽挖工程仍未展開，而牛潭尾通風設施工地則正在進行豎井挖掘工程。
2009年高鐵香港段環境影響評估報告曰：
「本工程項目不會直接影響或滋擾使用中、 非使用中魚塘及其圍堰的生境。若能採用良好的施工方法，只會對毗鄰的米埔和牛潭尾魚塘造成微不足道的間接影響，如建築塵埃和建築工地徑流等。」
事實上自從3月開始，牛潭尾村內井水水位便不尋常地下降，嚴重影響種植和養殖。 村民質疑是否與高鐵工程有關。村民稱， 一再要求港鐵全面監察，但港鐵公司不斷向村民聲稱工程「無影響」。
「港鐵的態度，就一個『耍』字。」 居民代表羅新章難掩憤怒。他在這裏生活了半個世紀，見證牛潭尾的豐富水源。他說，村內的公用井，四十年來從未間斷。 百多戶漁業、農業及千戶村民的日常生活都依賴地下水，一直過着寧靜的務農生活。即使1964年在制水期間，仍可接濟市區。「高鐵通風樓工程一開始啟動，我們立即就斷水。村裏二百八十多個井有九成受影響，全乾的有二十多個，大部分水少了一半，水位最少下降了四五尺。 」
另一位村民范先生的果園有幾十年歷史，第一次遇到「旱災」。他種植的觀賞性火龍果，去年這時候，都可以開花出售 了，但現在卻有一半枯死。蘭花以前只須 三天淋一次水，天熱甚至一天一次，現在只能一個禮拜淋一次，渴得黯然失色。
富良田錦鯉養殖場的負責人李德新， 數月前剛投資了二百萬新建九個魚池，因不夠水被迫停工。「養了三十年魚，每日二十四小時有山泉水不斷更新循環，從沒 試過這樣缺水。」錦鯉須不斷換新鮮水， 以前魚塘清澈見底，現在不夠水，不敢勤換，水都成了墨綠色。「肯定是工程影響， 水從石層流走了！」他堅信。
村裏的西洋菜水田亦變成了雜草叢生的旱地，不少原本肥沃的菜地，如今只能種旱生的品種。
黃錫如的家，不僅井乾枯了，外牆最近更出現了大裂痕。他說，早幾個月前， 平時穩放在桌上的花瓶突然掉下來，摔碎 了。
鐵路條例無保障
從業三十多年的土木工程師何國強看過水文圖，又到過現場。他判斷：現時是多雨季節，水位理應高於平均值。如果還是目前的低水位，證明地下水流失。「工程界的人都知道在地底做工程會影響地下水位，這幾乎是常識。如果硬說沒有影響， 那是不可信的。」他說，因為開豎井和鑽挖隧道，運走泥土，工人在下面工作，所以要抽乾水建造防水膜壁，於是地下水流失，導致了工地附近水位下降。「現行條例要受害人自己證明損失，索償須要自行聘請律師，找專家證人、測量師、工程師上庭，小市民財力和精力有限，實在難以和大財團如港鐵等抗爭。」
「村民關注的並非補錢，而是希望重獲水源，恢復生計。」土地正義聯盟執委陳劍青不斷入村考察。他認為港鐵和政府應為高鐵沿線居民設立保障基金，彌補工程 給他們帶來的生計損失。他說，港鐵一直不肯公開監測的資料。
身為工程師的公民黨副主席黎廣德指出，通風樓一邊挖土，一邊抽水，地下水下降，可能造成整個地面沉降不均勻，對當地房屋產生結構性影響。去年10月開工前，村民已經要求港鐵做跟蹤監測。但《鐵路條例》並無賠償機制，故有利於工 程方，不利於業權人。
港鐵：唔關我事
對於村民投訴高鐵工程引致地下水流失，港鐵回應記者查詢時指，隧道鑽挖工程距離牛潭尾尚有逾一公里的距離，且使用隧道鑽挖機建造隧道，方法安全可靠， 在鑽挖過程中，並不會造成水土流失。由於不滲水設計，地下水不會流進隧道，沿線附近一帶的地下水水位亦不會受影響。
至於通風樓豎井工程，港鐵雖然堅稱 「有關水位變動應與季節性變化有關 」，但也未直接否認會令地下水流失。其回應稱，「工程期間若有地下水滲入，須抽出 已滲入豎井內之地下水，保障在豎井內工作人員的安全。港鐵公司同時會採取有效措施，安排回灌水井令地下水水位保持穩定，減低對附近環境的影響。」
港鐵在牛潭尾區九個水井設立了監測點，監察水井的水位變動。記者向港鐵索取監測資料，港鐵指因部分設置監測點之水井位處私人物業範圍內，涉及個人私隱 資料，須徵得有關業主同意方能公開 。
陳劍青反駁說：港鐵要做廿四小時回灌工作，證明豎井挖掘工程已經影響地 下水，港鐵才須要回灌水入地底。而九個井中有一個水井為公用井，不屬於任何一 方，不能以私人物業範圍為理由，逃避向村民公開資料的責任。
新鐵路項目版圖
兩鐵合併後，港鐵先後進行五個新鐵 路項目，包括正動工的西港島線、廣深港高速鐵路(香港段)、南港島線(東段)及觀塘線延線，以及沙田至中環線。
其中，西港島線是以非經常補助金方式資助項目，獲立法會撥款向港鐵公司提供一百二十七億元的財務資助，以填補項目的資金差額，不涉及以物業發展權形式的財務資助。
廣深港高速鐵路(香港段)及沙田至中環線，則以服務經營權模式推展，是政府直接向立法會申請撥款興建，亦不涉及向港鐵公司授予物業發展權。至於南港島線(東段)及觀塘線延線項目，則以鐵路加物業發展模式推展。行政會議於2011年5月向港鐵公司批出前黃竹坑用地，及前山谷道第一期用地的物業發展權，作為這兩個項目的財務資助。