首先可以是細胞分配不均。受精卵一部分會變為內細胞團（Inner cell mass)，另一部分會變為滋養細胞層（Trophoblast）。內細胞團會發展成為胎兒，假如分裂的時候分配不均，其中一個胎兒所得的內細胞團細胞少了，胎兒可以缺少了重要的器官，導致嚴重結構問題。舉一個極端的例子，是其中一個胎兒可以缺少心臟，要靠另一個胎兒的心臟維生。滋養細胞層當然也可以分配不均，令一個胎兒有較大份的胎盤而另一個胎兒有較少的胎盤，導致其中一個胎兒生長遲緩，嚴重的話可以令胎兒胎死腹中。

即使內細胞團和滋養細胞層分配平均，由於共用胎盤，他們的血管在胎盤上是互通的，所以一個胎兒的健康會影響另一個胎兒。例如當其中一個胎兒胎死腹中，由於血壓會急降，另一個胎兒的血液會流向已死的胎兒，令仍存活的胎兒血液供應出現問題，嚴重的話可以影響腦部發展和有生命危險。

還有一種情況叫雙胎輸血綜合症。如前所述，由於他們的血管是互通的，有時一個胎兒的血液會供應給另一個胎兒，造成自己不夠血。供血的胎兒叫供血者（Donor）, 另一個胎兒叫受血者（Recipient）。供血者因為血液供應不夠，生長會遲緩，受血者由於血液份量太多，心臟不能應付，會出現心臟衰竭及胎水過多。嚴重的話可以令胎兒死亡或流產。以往醫生可以做的不多，只可以放走多餘的胎水減低早產機會，但這個做法治標不治本，治療失敗的機會很高。隨着科技的進步，現時醫生可以用微創的方式，在子宮放進光纖線，以激光燒斷連接兩個胎兒的血管，根治問題。

隨着醫學的發展，現時醫生對於以上情況都會緊密監察，大大減低出現併發症機會。