余英時曾引司馬遷論史學早就提出「通古今之變」的大原則，後世著史者無不遵奉。他研究中國歷史逾一甲子，其史學思想史研究論述涵蓋歷代遞嬗，構成具有整合性的通貫系統，在中西方的漢學界及史學領域卓然成家。
他長於撰述，論證精密，鞭辟入裏，中英文著作近六十本，論文逾四百餘篇，以下引介幾部著作，不能盡錄，惟讀者可按圖索驥，進一步深入認識這位學問淵博的史學泰斗。
《中國思想傳統的現代詮釋》（聯經出版）
余英時通過現代詮釋說明中國的思想傳統，提出現代詮釋如果希望取得和宋代新儒學相同的成就，西方的概念和分析方式最後必須能和中國思想傳統融化成一體。此書選收作者十篇論文，包括〈從價值系統看中國文化的現代意義〉、〈意識形態與學術思想〉、〈儒家「君子」的理想〉、〈清代學術思想史重要觀念通釋〉、〈中國近代思想史上的胡適〉等。
《論天人之際：中國古代思想起源試探》（聯經出版）
此書是關於中國思想起源的專題研究，從醞釀到完稿，先後經歷十二、三年之久。余英時借用「軸心突破」作為分析的概念應用在先秦諸子學起源，重讀先秦主要文本，從軸心突破的特殊角度探討中國古代系統思想史的起源，如軸心突破與禮樂傳統、天人關係的新轉向，從巫傳統到氣化宇宙論、孔子與巫傳統和「天人合一」的歷史演變，於比較文化史的脈絡中加以系統的述，重新建構出條理井然的歷史事。
《歷史與思想》（聯經出版）
此書最早於一九七六年出版，是余英時在台灣刊行的第一部論文集，開始改用中文為個人學術著作的書寫媒介。作品主要收錄一九七三至七五年於香港發表的作品，論題包括討論歷史知識的性質及有關史學的一般問題，從內在理路的觀點解釋明清思想變遷的問題等，其中尤以〈反智論與中國政治傳統〉在當時台灣學術和文化界引起廣泛的強烈反響。出版四十多年來不斷重印再版，是余英時著作中流傳最廣而且持續最久的一部。
《紅樓夢的兩個世界》（聯經出版）
此書共收錄八篇專論文章，主要以香港中文大學《學報》所刊之〈紅樓夢的兩個世界〉一文為全書的中心理論，將《紅樓夢》作者曹雪芹的人生觀剖析得深刻精闢。余英時提出《紅樓夢》這部小說主要是描寫一個理想世界的興起、發展及其最後的幻滅，以兩個世界觀來分析《紅樓夢》本身，以及評論紅學研究的得與失。
《史學與傳統》（允晨文化）
最早出版於一九八二年，主要收錄余英時七十年代的論文，試圖從客觀的史學角度檢視中國傳統的特性；二◯二一年重刊，近半世紀以來時局經歷重大變化，他於重刊序中提出再版的主要原因：「文化傳統和現代普世價值的匯流是當前中國的『大事因緣』，這一點已沒有懷疑的餘地。這一新的形勢要求我們對於歷史傳統作更深入，更廣闊的認識。」
