1997
5月，香港全球最先發現有人類感染H5N1禽流感病毒的個案，一名三歲男童身亡，8月確診H5N1禽流感病毒，同年11月再有小童感染，活雞也發現病毒，政府隨後下令家禽批發市場停運三日，下令撲殺全港共一百三十萬隻活家禽。當年本港有十八人感染H5N1、當中六人死亡。2001年至2014年間，政府因禽流感共撲殺了最少三百五十萬隻禽鳥。
2003
3月12日，嚴重急性呼吸系統綜合症冠狀病毒（沙士）因持續傳播，世界衞生組織就發出全球警告，多個國家對沙士疫症流行地區的入境旅客採取檢疫措施。3月31日，淘大花園E座有一百多人受感染，政府對該屋苑實施隔離。當年香港有一千七百五十五人受感染，其中二百九十九人死亡，六十五歲以上的長者佔了大多數。
2009
4月30日，一位墨西哥旅客在經上海轉機抵港後，因發燒症狀前往律敦治醫院求診，確診感染甲型H1N1流感病毒（豬流感病毒），成為本港及亞洲首宗確診病例。衞生當局即時封閉病人曾入住的酒店七天，所有旅客及員工期間須接受隔離。截至當年9月，香港有約二萬二千宗確診個案，當中有十五人死亡。三名癌症病人因感染毛霉菌死亡，調查後證實病人服用的痛風藥「別嘌醇」，有大量毛霉菌，超標100倍。
2012
時任教育局局長孫明揚確診感染退伍軍人桿菌，驗出細菌源頭來自新政府總辦公室的私人洗手間，其後，衞生防護中心公布，總部及毗鄰的立法會大樓九個地方亦驗出退伍軍人桿菌。
2013
內地爆發H7N9禽流感疫情。12月3日，香港確診首宗內地傳入H7N9個案；至2014年4月4日，累計個案共有十宗，三人死亡。
2015
瑪麗醫院出現毛霉菌爆發，調查後發現毛霉菌的源頭來自負責清潔病人衣服的深灣洗衣房，洗衣房須進行全面消毒。
2017
8月夏季流感高峰期，入住公立醫院、經化驗確診為流感的共一萬四千七百一十三人，共四百五十宗嚴重流感個案，三百零七人死亡。
2018-2019
8月，本港爆發多宗「登革熱」（Dengue fever）個案，累計個案升到廿八宗。
9月28日，發現一名五十六歲肝移植男病人的臨牀樣本中，含有大鼠戊型肝炎病毒（大鼠HEV），首次證明戊型肝炎可經老鼠傳染給人類，病人的肝功能經治療後已回復正常。
2018年冬季流感季期至2019年3月，共錄得五百八十九宗成人嚴重流感個案，當中三百九十二人死亡，死亡個案中約75%是長者；另外，兒童流感個案錄得二十宗，當中二人死亡。
